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Linux檔案系統最主要是屬於一種階層式的樹狀結構，最上層為其根目錄(root directory)以"/"來表示之。

Linux的檔案和和目錄都可能是一個設備或是裝置。
想觀看目前的目錄可下"PWD"指令。
如：
 [root@localhost ~]# pwd
 /root
 即為在/root 目錄底下
基本上Linux的Filesystem Hierarchy Standard(FHS)，都是參考FHS網站所列的標準所建置而成的。
如下舉列說明：
Root Directory：為Linux根目錄，所有路徑的起始目錄。
/root/：root(最高權限使用者的根目錄。
/bin/：一般使用者常用到的指令都會放在這裡面。
           如：/bin/bash,/bin/cp,bin/vi,/bin/cp…等等
/boot/：存放Linux核心、開機檔、MBR備份資訊的地方。
/dev/：觀看裝置內容和存放系統裝置相對應的代碼。
/etc/：系統的主要設定檔存放位置。
/home/：使用者的根目錄。
/media/：可移動媒體的掛載目錄。
/opt/：應用程式存放資料的目錄。
/lib/：存放公用函式庫的目錄。
/sbin/：通常只有允許root使用者存取，用來存放一些系統啟動及修復系統很重要的工具的存放目錄。
/mut/：暫時掛載一些裝置的目錄。
/sys/：存放硬體的資訊檔案。
/proc/：虛擬系統在記憶體中的程式資訊。
/tmp/：存放執行過的程式暫存檔。
/srv/：存放 apache 或是 FTP 資料的位置。